Tässäkään tapauksessa kyse ei taida olla liian vanhasta mkvtool paketista, vaan pikemminkin ihan päin vastoin. Eli paketti on liian uusi. Nimittäin Xine, jota Kaffeine käyttää toisto-ohjelmana ei ymmärrä libmatroska v1.X.X versioiden päälle. Libmatroska ei ole kaikilta osin alaspäin yhteensopiva ja soittimet joita ei ole päivitetty uudempien matroska tiedostojen toistoon eivät välttämättä osaa toistaa näitä 1.X.X versiolla kirjoitettuja tiedostoja.
Ongelmaan auttaa soittimen vaihto. VLC ja Mplayer hallitsevat nämä uudemmat tiedostot. Nämä mediatoistimet kuten Samsung TV ovatkin sitten ongelmallisempia. Jos niihin ei päivityksiä löydy, niin ilmeisesti ainoaksi vaihtoehdoksi jää Mkvmergen vaihtaminen vanhempaan v3.X.X versioon joka käyttää vielä libebml v0.X.X ja libmatroska v0.X.X tiedostoja.